"Źródło" to 3 powiązane ze sobą historie, rozdzielone 500-letnimi interwałami. Pierwszy epizod rozgrywa się w XVI wieku. Hiszpański konkwistador - Tomas Creo (Hugh Jackman) - z polecenia królowej Isabel (Rachel Weisz) wyrusza na poszukiwanie mitycznego Drzewa Życia, zapewniającego nieśmiertelność. Myślami zaś jest przy monarchini, którą skrycie darzy głębokim uczuciem.

W drugiej części akcja przenosi się do współczesności. Naukowiec Tommy Creo (Jackman), mimo rozległej wiedzy, nie potrafi znaleźć lekarstwa dla umierającej na raka Izzy (Weisz), jego żony. Nad ich miłością wisi mroczne fatum: śmierć w każdej chwili może odebrać mu ukochaną.

Końcówka to już odległa przyszłość: XXVI wiek. Astronauta, dr Tom Creo (Jackman) podróżuje samotnie w przestrzeni kosmicznej. Jej finał okaże się być dla głównego bohatera (no i oczywiście dla widza) bardzo zaskakujący...