Poszukiwaniami szczątków Mikołaja Kopernika kieruje prof. Jerzy Gąssowski z Wyższej Szkoły Humanistycznej w Pułtusku. W badania zaangażowany jest także Krajowy Ośrodek Dokumentacji i Badań Zabytków przy Ministerstwie Kultury, którzy dysponuje najnowocześniejszą, bardzo kosztowną aparaturą geofizyczną.

Celem prac nie są jedynie poszukiwanie szczątków sławnego uczonego. Naukowcy chcą przede wszystkim dokładnie zbadać katedrę we Fromborku. Kościół ten jest ogromny, ma trzy nawy i 96 metrów długości. Poszukiwanie w nim kanonika Mikołaja jest celem ubocznym, niejako przy okazji, co nie zmienia faktu, iż naukowcy uznali by za sukces odnalezienie jego szczątków. Możliwe jest jednak, iż badacze nie będą w stanie jednoznacznie stwierdzić, że znaleźli szczątki sławnego Polaka.

Przed przystąpieniem do prac wykopaliskowych w katedrze sporządzono georadarowy obraz wnętrza kościoła. Pozwala on na ujawnienie niewidocznej struktury podziemnej budowli. Poza nowoczesnymi metodami, użyto również tradycyjnych sposobów, na poznanie poszczególnych części świątyni. Wykonano pomiary, rysunki, fotografie, co stanowiło bazę wyjściową do wykopalisk.

Bardzo pomocy przy badaniach katedry okazał się specjalistyczny skaner laserowy, dzięki któremu sporządzono trójwymiarowy obraz kościoła, jego widoku od wewnątrz i z zewnątrz. Jest to pierwszy całościowy obraz budowli, jaki sporządzono w naszym kraju, dla badań naukowych.

Obecnie prace posuwają się bardzo wolno. Uwarunkowane jest to przede wszystkim przestrzeganiem wszelkich zasad konserwatorskich. Wiele problemu sprawiła badaczom XVII-wieczna mozaika, którą musiano usunąć przed ołtarzem, aby wydobyć spod niej warstwę ziemi przykrywającej szkielety.

Archeolodzy odnaleźli dotychczas kilka szkieletów. Jeden z nich wzbudził ich szczególne zainteresowanie. Badacze odnaleźli szczątki wysokiego mężczyzny około 175 cm wzrostu. Teraz antropolog ustali, czy szkielet ma cechy starcze, ponieważ Kopernik gdy zmarł miał 70 lat. Kolejnym etapem prac przy identyfikacji szkieletu będą analizy specjalistów z policyjnego laboratorium kryminalistyki, którzy dysponują programem komputerowym pozwalającym na rekonstrukcję rysów twarzy na podstawie kości czaszki. Te właśnie szczegółowe ekspertyzy pozwolą na ustalenie czy są to szczątki Mikołaja Kopernika.

Tegoroczne wykopaliska nie przyniosą jednak rozwiązania zagadki, jak wyjaśnia prof. Jerzy Gąssowski. Jest to etap wstępny, rozpoznawczy, na niewielką skalę. Wykopaliska ruszą w 2005 roku. Na razie powierzchnia archeologicznego wykopu wynosi jedynie około 10 metrów kwadratowych.